La fruibilità dello spettro infrarosso può essere però compromessa da vari fattori:
- La presenza di acqua ed anidride carbonica, presenti entrambe nell'aria e nel campione: sono bipoli, per cui i loro spettri si sovrappongono a quelli dei componenti del campione.
- La sorgente infrarossa emette perchè termicamente attivata. Le stesse operazioni di on/off provocano escursioni di calore ed umidità nello strumento, che disturbano l'elettronica e la qualità dei dati.
- La riproducibilità del posizionamento di ogni componente mobile del'interferometro, che modula il range spettrale.
- Il parallelismo dei fasci luminosi, onde evitare aberrazioni, perdita di intensità e diffusione.
- il comparto campione, che deve essere in grado di alloggiare campioni e portacampioni di ogni forma.
- la versatilità dell'ottica ( sorgenti, beamsplitter, detector, accessori)
- Il software deve regolare e riconoscere automaticamente le impostazioni strumentali e consentire la deconvoluzione ed elaborazione spettrale più evoluta.
L' interferometro di Michelson è completamente termostatato, purgato e sigillato, flussabile ad azoto come gli accessori. Gli specchi ad angolo cubico dell'interferometro eliminano la deriva del segnale che causano le lenti qualora nel tempo si diseallineino.